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뿌리는 식물을 지탱, 지지하며, 흙 속의 물과 무기양분을 흡수 · 저장한다. 크게 곧은뿌리와 수염뿌리로 나눈다. 전자는 쌍떡잎식물과 겉씨식물에, 후자는 외떡잎식물과 양치식물의 뿌리형태이다. 뿌리는 겉면의 표피와 내부의 형성층으로 구분된다. 형성층은 양분의 이동통로인 체관과 안쪽의 물관으로 나뉜다. 뿌리의 끝에는 길이생장점이 있고, 이 부위는 뿌리골무에 싸여 보호된다. 뿌리털 부분의 삼투현상으로 전해진 물과 양분이, 뿌리압과 물관의 모세관작용을 통해 잎까지 도달한다. 숙주식물로부터 양분을 취하는 기생뿌리에는 뿌리털이 없고 뿌리표면 전체에서 양분흡수가 이루어진다. 메꽃과의 새삼(새삼배, 鳥麻)이 그 예다.


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